تؤمن الشركة الوطنية للدواجن بالمبادئ التوجيهية الدولية لحماية صحة الناس والبيئة وضرورة تطبيقها في العمليات الإنتاجية.
يتم تطبيق إجراءات واضحة لتقليل كمية المخلفات الناتجة عن دورات التشغيل المختلفة. كما تطبق برامج خاصة في كل وحدة تشغيلية بهدف الحد من المخلفات وإدارة ما ينتج عنها من المواد الخام ومواد التعبئة والتغليف إضافة إلى المنتجات والأدوات والمعدات، إلخ.
تتم عملية فرز النفايات في كل دورة تشغيلية بهدف تحليلها ومعالجة كل منها وفقاً لطبيعتها وكميتها.
تُطبّق في المسلخ واحدة من أكثر الطرق المعقدة لمعالجة المخلفات وإدارتها. إن آلات وأنظمة التكنولوجيا الفائقة تعالج مخلفات إنتاج الدواجن مثل الريش والأعضاء الداخلية.
محطة معالجة المخلفات الحيوانية هي جزء لا يتجزأ من المسلخ، حيث تعمل بأعلى التقنيات. فيها يتم استعادة الدهون من الدواجن وتستخدم لإنتاج الطاقة التي تعتبر جزءاً من إدارة الطاقة للشركة.